（1）缺乏完善的审批制度。水利工程施工前，施工单位应当按照有关规定、施工合同要求和招标文件的决策条款，提前合理高效地清算工程价款，然后进行后期工作。

目前，我国大部分水利工程单位在水利工程建设中没有按照有关规定有效清算工程价款。而且，对于签订施工合同以外的价格部分，施工单位没有按照临时变更通知的要求进行核算，工程清算审批流程不合规，缺乏科学合理的管理方法。

（2）缺乏科学的财务管理体系。

1、基础设施财务管理薄弱，缺乏完善的管理体系。由于长期受传统制度影响，我国水利工程基础设施项目财务管理将减少、管理和投资混淆，缺乏完善的基础财务监督管理模式，项目目标成本责任制和预算管理制度不完善，缺乏合理性和合理性，严重影响水利工程资金的使用可靠性和工程质量安全。

2、财务管理理念薄弱。由于传统管理理念的影响，水利工程建设经理缺乏现代科学管理理念，借款资金不合规或相关债权债务未及时处理，导致水利工程单位财务管理应收款回收困难，出现大量坏账，难以有效避免财务管理中的各种风险。

3、工程项目概算调整审查不合规。在工程建设中，水利工程建设单位忽视了工程的前期准备工作，变更工程设计后未经审查擅自调整工程预算，导致工程预算和决算超过工程预算，严重影响水利工程项目管理部门对建设资金的投资决策和科学安排。

（3）工程成本计算不合规。水利基础设施项目的财务管理具有加强的复杂性和专属性，需要建立专门的财务管理体系，制定专门的会计制度，合理负责项目的收支，确保水利工程基础设施项目成本核算的科学合理性。但在实际管理过程中，部分施工单位会计科目设置不合理，使用不合规，未按工程预算和预算标准制定施工资金。

（4）管理者的素质水平有待提高。财务管理人员作为水利工程基础设施项目财务管理的直接实施者，由于综合素质低，缺乏相应的财务专业知识和专业技能，不熟悉财务管理业务，容易出错，进一步增加财务管理人员的工作量，也影响水利工程财务信息质量，不利于财务管理工作的顺利发展，进一步影响水利工程建设决策的制定。