与商标国际注册制度不同,商标国别注册协调制度旨在协调各国国内法商标注册制度的差异.巴黎公约所包含的商标保护规则,就是以协调各国商标注册制度为目标.这一制度能让各国商标注册趋于一致,其所实现的最重要功能就是提高商标注册权利获得的确定性.但是这一制度直接面对商标注册制度的地域障碍,需要对各国商标注册制度背后的法律文化及社会价值进行统一,在主权主导的国际社会下,此目标殊难实现.一百多年以来,国际社会在此方面的缓慢进展也充分说明了这一问题.

巴黎公约以国民待遇与独立保护为基本原则,其所体现的是对各国主权地域性的充分尊重,承认各国独立设定商标保护条件的权利,所实现的主要是巴黎联盟成员国对外国国民与本国国民的同等对待.如前文所述,巴黎公约只在某些方面为成员商标注册设定了统一的标准要求.在此后的一百多年里,国际社会在协调各国实体法规方面较巴黎公约并未取得实质性的突破,这一现象直至TRIPS协定的缔结实施方被打破.

巴黎公约与TRIPS协定之外的其他国别注册协调制度,如上文述及的尼斯协定、维也纳协定、商标法条约、新加坡条约仅限于商标注册的管理程序方面,而极少涉及实体性的规则.其原因在于对各国实体制度的协调直接涉及各国主权问题,而以WIPO为主导的国别商标注册协调机制对此力不从心.