商标查询是指在商标注册前，对商标进行搜索、查看是否已经被他人注册或申请注册的过程；而商标证书是商标注册成功后，由商标局颁发的商标权的证书。

商标查询与商标证书之间的关系是，商标查询是在商标注册前进行的必要步骤，通过商标查询可以了解到当前是否存在与所申请商标相同或相似的商标，从而避免申请失败或侵犯他人商标权的风险。而商标证书则是商标注册成功之后的重要证明文件，商标持有人凭借商标证书可以享有商标权利，包括使用、转让、许可等。

因此，商标查询和商标证书在商标注册的整个流程中都是非常重要的环节，商标查询可以确保商标的可注册性，而商标证书则是商标法律保护的重要凭证。