有些情况下，研发人员针对已知药物进一步研究，发现以前未曾发现的新的医药用途，即第二医药用途。例如阿司匹林最初的用途是解热镇痛，后来研究人员又发现其具有治疗心脏病的新用途，这里的治疗心脏病就是第二医药用途。申请人同样可以就已知药物的第二医药用途申请专利并获得保护，对此专利，称之为第二医药用途发明专利。第二医药用途发明专利可以按照第一医药用途发明同样的形式撰写。

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