问题：我公司申请注册了一件商标，商标注册证由副总经理保管，后来我公司名称变更，未到商标局办理变更手续。

该副总经理辞职后到新公司工作，经手将我公司的注册商标转让给其新公司并经国家商标局公告。

两年后，我公司才发现。

请问，我公司是否还能收回该注册商标？

回答：我国《商标法》第三十九条规定，“转让注册商标的，转让人和受让人应当签订转让协议”。

《民法通则》第五十五条规定，民事法律行为有效的条件之一即为当事人意思表示真实。

因此，未经你公司许可擅自转让你公司注册商标的行为应无效，你公司有权向法院提出确认该商标转让无效的民事诉讼。

无效民事行为，从行为开始起就没有法律约束力，不受两年民事诉讼时效的限制。

但是民事诉讼并不能完全解决商标转让纠纷，《商标法》第三十九条也规定：

“转让注册商标经核准后，予以公告。

受让人自公告之日起享有商标专用权。

”《商标法实施条例》第二十五条规定：“商标局核准转让注册商标申请后，发给受让人相应证明，并予以公告。”因此，如果法院判决你公司注册商标被转让的行为无效，则商标局核准你公司注册商标转让申请并公告的行为便存在瑕疵，你公司可要求商标局撤销该公告。

对该商标转让公告不服，你公司也可以提起行政诉讼。

但根据《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第四十二条的规定：

“公民、法人或者其他织不知道行政机关作出的具体行政行为内容的，其起诉期限从知道或者应当知道该具体行政行为内容之日起计算，但对具体行政行为从作出之日起超过5年提起诉讼的，人民法院不予受理。”因此，你公司还应当及时主张权利。

另外，根据即将于2007年10月1日实施的《物权法》第一百零六条关于善意取得的规定，如果你公司注册商标被非法受让人再次转让，当第二次受让人善意受让并再次经商标局核准转让并公告后，则你公司便无法收回注册商标，只能向第一次非法受让人请求赔偿损失。