高企认定主管部门：科技、财政、税务部门，其他相关部门：环保、质量/安监、审计等部门。

科技部门检查要点：1. 技术领域是否属于管理办法或工作指引中的领域

2.专利权属及专利时效确认

3.主要产品（服务）收入占高新收入比例是否超过50％

4.申报前后各期数据对比及与高新年报数据对比

5.申报材料各项指标核对

财政部门检查要点：1. 每年定期对承担高企审计的事务所进行底稿等风险检查，并抽选部分企业进行延伸检查

2.会计师事务所行业协会自律检查。

税务部门检查要点：1. 申报材料与税务申报数据是否有冲突

2.高企认定税收优惠备案检查

3.研发费用加计扣除备案检查

4.其他相关税务检查

环保部门检查要点：1. 是否存在环评风险

2.是否存在严重环境违法行为质量/安监部门检查要点：是否存在重大质量、重大安全事故

审计部门检查要点：1. 针对行政公职人员渎职、受贿等违法行为的延伸检查

2.国有企业自身的定期审计检查

每个部门所审查的要点不同，如：科技部门会对企业技术领域是否属于管理办法或工作指引中的领域、专利权属及专利时效确认、主要产品（服务）收入占高新收入比例是否超过50％、申报前后各期数据对比及与高新年报数据对比、申报材料各项指标核对；

财政部门每年定期对承担高企审计的事务所进行底稿等风险检查，并抽选部分企业进行延伸检查、会计师事务所行业协会自律检查。

不同申请领域的高新技术企业会安排相关专家进行评分，并且每个领域的通过率不同。