高新企业的账务处理与普通企业基本相同，不同的是，高新企业更要做好研发费用归集的账务处理，并做好高新技术产品(服务)收入的核算，因为这些涉及到高新技术企业认定中必须满足的条件。此外，高新企业所得税适用15%的优惠税率，在计提企业所得税时应注意这一点。

高新企业做账的特殊要求如下：

高新技术企业认定要求最近三个会计年度的研发费用总额占销售收入的一定比例，需要分别统计企业三年的研发费用和销售收入

年销售收入小于五千万，研发费用的占比不得低于5%

年销售收入大于五千万小于二亿，研发费用的占比不得低于4%

年销售收入大于二亿，研发费用的占比不得低于3%

而且，在中国境内产生的研发费用总额要占企业研发费用总额的60%以上，即中国政府鼓励在华研发。