基础设施项目建设单位应当按照《基础设施财务管理条例》和《国有建设单位会计制度》的要求，对基础设施项目进行单独的管理和核算。

应设置单独的账套，使用“在建工程”科目，分为“建筑安装工程投资”、“设备投资”、“待摊投资”和“其他投资”科目，收取建设成本和费用。

建筑安装工程投资设置“建筑工程”和“安装工程”两个二级科目收取土建安装费用，设备投资设置“仪器设备”和“安装费”两个二级科目收取设备采购安装费用，待摊投资收取勘察费、设计费、监理费、管理费等与基础设施项目相关的费用。

其他投资项目管理部门的资产支出，如购买办公电脑、打印机、传真机等。

年底，根据新修订的《事业单位会计制度》，将基础设施项目年累计发生额计入事业单位事业单位账户。

以设备投资、零余额账户使用金额、预付工程款、基础设施拨款、应付工程款科目发生金额为例，说明年底并账过程。

设备投资按累计金额借记“在建工程”――基建工程――设备投资科目，贷记“非流动资产基金”――在建工程――基建工程――“设备投资”科目。

同时借记“事业支出”――项目支出――基本建设支出科目，贷记“应付账款”、“预付账款”、“其他应收款”或“零余额账户用款额度”科目。

零余额账户贷款金额的借方金额并入事业账套同名账户借方，贷记“财政补贴结转”、“财政补贴收入”或“财政应退还金额”。

为方便基础设施项目的会计和管理，财务账套还应建立项目、合同单位等辅助会计项目。