在知识产权诉讼当中,对举证责任倒置有不同的争论.一种观点认为:举证责任倒置须严格掌握,法律没有明文规定的,不能由法官任意扩大举证倒置的适用范围,目前由法律规定实行举证责任倒置的只有专利法第60条,其他情况均应由原告举证.另一种观认为:知识产权纠纷,比如商标侵权诉讼当中对侵权商品来源以及进货渠道的举证等等,如果片面强调适用一般举证原则,由原告举证,则侵权人凭此可能取得推卸赔偿责任的法律依据,只有实行举证责任倒置,才能体现公平原则.第二种观点更为合理.

新修改的《商标法》第56条第3款关于侵权人不承担赔偿责任的免责条款,实际上是一种典型的举证责任倒置,上述第种观点认为只有专利法第60条第2款的规定属于知识产权诉讼举证责任倒置过于绝对.当然,专利法第60条是针对专利侵权物权"之诉的举证,而商标法第56条则是针对商标侵权赔偿责任"债权"之诉的举证,但举证责任倒置的规则是一致的.

TRIPS协议第43条要求成员"应当"或者"可以"由司法当局"责令提供"证据的规定,尽管"应当"或者"可以"责令提供"证据的运用条件有重大区别,但两者均与举证责任的合理分担相关.这种举证责任的分配并不是由举证责任倒置规则所致,但它是在知识产权执法中举证责任倒置难于应用的情况下对举证责任倒置规则的一种突破.换句话说"责令提供"证据与"举证责任倒置"的规则不相同,但"责令提供"证据又是在"举证责任倒置"基础上发展而来的,尤其是在知识产权执法当中,表现得更为突出.