《商标法》第59条第3款协调商标在先使用人与在后注册人之间利益冲突的方法是:通过让在先使用人附加区别标志的方式避免在先使用商标与在后注册商标之间的混淆,以实现商标共存.但这种制度安排只是在法律层面让冲突双方做出某种妥协,而并不能真正有效地防止或减少混淆可能性的发生.正如有学者所指出,"允许注册商标权人毫无障碍地进入在先使用商标已经具有知名度和信用的营业圈进行经营,由于两商标使用的商品以及商标本身相同或近似,即使先使用人附加了区别性标记,也难免发生注册商标搭取在先使用商标知名度和信用导致相关公众混淆的现象".因此,商标在先使用人的正当权益以及相关公众不被混淆误导的利益都将在这一制度安排中受到损害.

《商标法》第59条第3款只是设置了商标共存制度,但没有明确规定共存商标在禁止权与损害求偿权方面的冲突处理.在商标法的框架内,未注册商标只有在是驰名商标的情况下才能禁止他人使用.这也就排除了在先使用人享有商标法上的请求权基础的可能,而商标先用权作为注册商标权的例外的性质,也就更表明其请求权基础的缺失.实际上,当第三人未经许可在在先使用人商誉覆盖的范围内使用相同或近似的标识从而容易导致混涌,商标注册人可以依据商标法起诉第三人求偿,而在先使用人也可以根据反不正当竞争法起诉第三人求偿.商标法上的禁止权基于法律的拟制,其范围覆盖整个法域;反不正当克争上的禁止权基于法律对于实际存在的商誉的承认,其仅存在于其知名度所及的范围.但在事实层面,在后注册商标很可能未在该地域内建立商誉.对于消费者来说,第三人使用的商标只能与在先使用的商标而非在后注册的商标发生混淆故第三人只可能侵害在先商标使用人的实际利益,造成与后者的混淆并利用其商誉.这种情况下,基于注册制度而拟制的商标权就与基于使用制度而承认的反不正当竞争法益发生了冲突.从横向的制度比较来看,先用权制度广泛存在于各国的专利法之中,但商标先用权制度尚属少见.究其原因,虽然商标法与专利法设置先用权制度的目的都在于平衡在先使用人与在后知识产权所有人之间的利益,但该制度在专利法与商标法中所引发的利益格局却是明显范围内继续使用自己研发取得的技术成意不同的.在专利法中,允许在先使用人在涉及在后专利权人与在先使用人之间的利益分配,对消费者利益不产生负面影响,因为在此情形下,消费者购买相关产品是着眼于产品的技术特征,无论产品来自专利权人还是在先使用人,其所依赖的技术是相同的.专利权人的产品提供好比一条大河,先用权人的产品提供好比一条小溪,任何第三人的侵权产品提供都损害专利权人的利益从而应归入大河,大河与小溪两者共同构成完整的市场货源,利益划分清晰.但在商标法上,先用权制度却不能在在先使用人与商标注册人之间实现利益的清晰划分.与专利通过控制产品的提供来源来实现利益分配的机制不同,商标通过对标志的使用范围控制来实现利益划分,并以此保护消费者不对产品提供者产生混淆误认这一第三方利益.在商标法的框架内,我国的商标先用权制度无法真正实现在先使用人与在后注册人之间的标志使用范围的划分.首先,前述商标先用权在性质上是一种抗辩权,而注册商标权是一种独占权.这意味着,注册商标权的效力是无所不在的,商标人不仅可以在其"大河"内使用商标,也有权在在先使用人的"小溪"内使用其注册商标,还有权对"小溪"内第三人的商标侵权行为主张权益.其次,且不论"小溪"与"大河"之间很可能存在联通性,单是"小溪"内的两个商标共存就不可避免地在一定程度上造成消费者的混淆误认.因此,先用权的设置对以商标权注册取得为基础的商标法形成了很大的冲击,而在专利法领域并不存在上述问题.