股权收购特殊性税务处理的原则是收购企业取得被收购企业股权的计税基础，是以被收购股权的原有计税基础确定，也就是说原计税基础是特殊性税务处理的基本原则，由于企业在会计上是按照公允价值进行处理的，因此税收上的处理与会计上的处理存在一定的差异。

在特股权收购特殊性税务处理条件下“收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%”“取得股权注册深圳实业有限公司的要求支付的原主要股东在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权”，采取特殊性税务处理的方式，股权支付部分暂不确认所得，只对非股权支付部分确认股权转让所得，收购企业和被收购企业股东再转让其取得的股权时，则按照原计税基础作为成本扣除，而不是公允价值扣除。

实际上，这种特殊行税务处理方式是在企业转让股权时，将重组中尚未确认的股权支付所得在后期进行征税，也就是说，采取该方式并不会使得企业少缴纳税款，只是延迟了企业的纳税义务发生时间，对企业来说，实质是递延纳税的一项优惠政策。