在116号文件生效之前，直接投资于未上市中小高新技术企业的创业投资企业，可以根据《国家税务总局关于实施创业投资企业所得税优惠问题的通知》（国税发〔2009〕87号，以下简称“87号文件”），按照其对中小高新技术企业投资额的70%，在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额。

由于有限合伙制创业投资企业不具有法人资格，其本身不是企业所得税的纳税人，而是采用“先分后税”方式，由投资者就其按照基金向其实际分配的收益和根据合伙协议应享有而未分配的收益之和缴纳所得税。

因此通过投资有限合伙创业投资企业，从而间接投资未上市中小高新技术企业的法人企业不能享受87号文件的税收优惠，唯一的例外是中关村国家自主创新示范区内的有限合伙制创业投资企业。

向未上市中小高新技术企业进行股权投资需要的资金额度高，风险大，且需要高度专业判断，因此由数家投资企业和专业投资机构组成有限合伙进行间接股权投资的方式普遍受到投资者青睐，采取这种方式，投资者作为有限合伙人承担较小的风险，而且普通合伙人都是专业投资机构，可以对投资对象进行专业的评估和监督。

但是87号文件规定的税收优惠造成了不同投资方式的不同税收待遇，这种状况对有限合伙制创业投资企业显然是不公平的，有违税收中性原则，不利于有限合伙制创业投资企业的发展，进而束缚了企业间接投资中小高新技术企业的积极性。

例如，甲企业占有限合伙制创业投资企业乙的出资份额为40%，乙对未上市中小高新技术企业丙满2年的股权投资额为1000万元，在116号文件生效之前，由于乙不是企业所得税纳税人，而甲又不符合87号文件关于“直接投资”的条件，甲和乙均不能享受抵扣应纳税所得额的税收优惠。

在116号文件生效之后，通过有限合伙制创业投资企业进行间接投资的法人企业也可以享受以投资额抵扣应纳税所得额的税收优惠，基本消除了直接投资和间接投资的税收待遇差别。

承上例，在116号文件生效后，有限合伙制创业投资企业乙企业对丙的1000万元投资中归属于甲的部分=1000×40%=400万元。

这部分的70%，即280万元可用于抵扣甲从乙分得的应纳税所得额。

需要注意的是，116号文中有限合伙的法人合伙人享受的税收优惠，与直接投资中小高新技术企业的法人企业相比仍然受到限制，因为后者可以按投资额的70%抵扣其全部应纳税所得额，而前者只能抵扣从该合伙企业分得的应纳税所得额。

如果该合伙企业在股权投资未上市中小高新技术企业满2年的当年，分配给法人合伙人的所得和该法人合伙人按其占有限合伙制创业投资企业的出资比例应分得的合伙企业留存收益之和少于股权投资额的70%，则需要结转以后年度抵扣。

例如，甲企业对未上市中小高新技术企业满2年的直接股权投资额为400万元，则可以抵扣应纳税所得额相当于投资额的70%，即280万元，如果甲企业当年的应纳税所得额为300万元，则抵扣后应纳税所得额为20万元。

如果甲企业是通过有限合伙间接投资于未上市中小高新技术企业，且归属于甲的投资额仍为400万元，可以抵扣应纳税所得额仍为280万元。

如果甲企业当年的应纳税所得额为300万元，但是从有限合伙分得的应纳税所得额为180万元，则甲只能抵扣从有限合伙分得的部分。

抵扣后甲的应纳税所得额=300-180=120万元。

当年抵扣后仍有100万余额，需留待以后年度从来自该有限合伙的应纳税所得额中抵扣。