随着我国经济的不断发展，越来越多的企业开始涌现，而企业注册也成为了一个非常重要的环节。在过去，企业注册需要办理三证分别是营业执照、组织机构代码证和税务登记证，而且每个证件都需要单独申请，费用也比较昂贵。而现在，我国已经实施了三证合一的政策，即企业只需要办理一个营业执照就可以了。但是，三证合一后公司注册费用仍需要注意以下几个问题。

1. 办理费用

在办理三证合一的过程中，企业需要支付一定的办理费用。根据不同地区的规定，费用也会有所不同。一般来说，企业需要支付的费用包括注册费用、代理费用、印章费用等。因此，在进行三证合一前，企业需要提前了解清楚所需支付的费用，并做好预算。

2. 代理费用

在办理三证合一的过程中，企业可以选择自行办理，也可以选择委托代理机构办理。如果选择委托代理机构办理，需要支付一定的代理费用。代理费用的收费标准也因地区而异，企业需要选择信誉良好的代理机构，并了解代理费用的收费标准。

3. 印章费用

办理三证合一后，企业需要申请新的印章。印章的种类和数量也因企业的不同而异。企业需要根据自身情况选择合适的印章，并支付相应的印章费用。

4. 税务登记费用

税务登记是企业注册的重要环节之一。在办理三证合一后，企业需要重新办理税务登记。不同地区的税务登记费用也不同，企业需要提前了解清楚，并做好预算。

总之，办理三证合一后，企业注册费用虽然相对之前有所降低，但仍需要注意以上几个问题，以免出现意外的费用支出。企业在办理三证合一前，需要提前了解清楚相关规定和费用情况，并做好预算，以确保注册过程顺利进行。