政府会计制度的“双基础”、“平行记账”作为一种主要的创新措施，具有其全面性、客观性和前瞻性的优势。

然而，当具体实施到会计中时，它面临着一些实际的操作问题。

（1）预算会计中参与研究资金的会计问题

对于事业单位来说，资金来源一般包括财政拨款收入、事业收入、上级补贴收入、经营收入等收入。

应准确确定包含在预算会计核算范围内的资金收支情况。

除财政部出台的“托管资金”衔接办法明确规定外，单位承担的资金来源为同级或非级财政拨款的研究项目形成的研究资金收支是否应纳入预算会计核算范围尚未明确说明。

一般情况下，主研单位收到项目预算后，会根据前期与参研单位签订的相关协议，将参研单位的资金全部拨付到位，然后将费用作为主研单位的预算支出纳入报表。

对于参研单位来说，如果将收到的参研资金纳入参研单位的预算会计范围，可能会与主研单位的预算数据重复；如果不包括在内，由于资金执行情况的变化，预算执行与计划不一致，从而影响决算报表数据的真实性。

（2）预算会计遇到时间差异时所面临的会计问题

(1)以往年度往来科目的衔接。

根据财政部新旧衔接办法的规定，分析不属于预算年度的资金性质，计入预算会计“财政补贴结转”、“非财政补贴结转”等预算余额科目，但未明确后续资金收付的具体会计方法。

是通过预算收入、支出类科目计算，还是直接从结余类科目中冲销。

如果通过收支科目，必须在年底进行人为调整，否则会导致收支的重复记录。

如果直接从预算结余科目中取消，由于设计中没有结转科目的计量，日常会计处理不应直接处理结转科目。

使这类收支的衔接与核算陷入两难境地。

(2)预算会计中公务卡、工资代扣款的会计问题。

由于预算会计遵循收付实现制原则，科目体系中没有交流科目。

然而，近年来，为了避免现金业务，事业单位普遍开始使用公务卡业务。

所谓公务卡就是信用卡，发生支出时实际消费的是金额，而不是银行实时转账。

事后，单位财务办理还款业务后，形成资金支付。

从消费形成到还款完成，通常间隔一段时间。

此时，公务卡消费通常在会计核算中计入“其他应付款”作为过渡，待还款时冲销。

这种“时间差异”也会出现在工资个人所得税、社会保障等业务中。

根据其性质分析，属于交易业务，即期末货币收付，虽然属于当期支出，但不能计入预算会计费用。

因此，同期与权责发生制下的财务会计必然会有差异。

这种差异将与月度预算执行率有关，并对年度决算会计报表数据产生一定影响，需要人工调整，不仅增加工作量，而且容易出错。

(三)资金结存明细科目的设置

“现金”科目用于计算备用金的使用。

但在双轨制会计制度下，当单位有自己的资金账户，账户同时计算财务会计业务和预算会计业务时，当涉及财务会计业务的现金收付时，预算会计不需要同时记账，会导致财务、预制度中显示的现金与银行余额不一致，干扰账户余额的管理。