股权转让就是股东出让股份，将公司相关的控制权、收益权等出资人权利及其对应的义务转移给受让人，使受让人成为公司股东的民事法律行为。

以股权转让方式转让房地产是指形式上转让股权，但实质转让房地产的行为。

以股权转让方式转让房地产涉及土地增值税、企业所得税、印花税等，对于企业所得税和印花税的缴纳，税收法规规定较为明确，没有任何争议，而对于是否缴纳土地增值税则争议较大。

相关法律依据

《土地增值税暂行条例》第二条规定:“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物(以下简称转让房地产)并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人(以下简称纳税人)，应依照本条例缴纳土地增值税”。

可见，土地增值税是对转让房地产行为征收的一种财产税，据此，股权转让不涉及土地增值税。

但由于《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）文件的发布，让原本简单、明确的政策变得复杂起来。

国税函[2000]687号文件规定：你局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报〔2000〕32号）收悉。

鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

该文件是国家税务总局对广西壮族自治区地方税务局关于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权是否缴纳土地增值税的答复，对该个案具有法律效力。

但在实务中，全国各地许多税务机关依照该文件，对以股权方式转让房地产的行为征收土地增值税。

与上位法相冲突

国税函是国家税务总局对本系统下属单位工作请示的批复函，属于税收规范性文件，而《土地增值税暂行条例》是由国务院颁布，属于行政法规，法律效力高于税收规范性文件。

根据《土地增值税暂行条例》第二条明确规定了土地增值税的纳税义务人为转让房地产的单位和个人，征税范围为转让房地产的行为。

以股权转让方式转让房地产的行为，房地产的产权人在股权转让前后，并未发生变化，因此并未发生房地产的转让行为，且纳税义务人并非转让房地产的单位和个人，而是转让股权的单位和个人。

国税函[2000]687号将该行为纳入土地增值税的征收范围，扩大了《土地增值税暂行条例》中关于土地增值税纳税义务人和征税范围的规定，明显超越上位法的规定，因而其法律效力和合法性存在疑问。

不具有普遍适用性

国税函[2000]687号是国家税务总局对广西壮族自治区地方税务局关于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权是否缴纳土地增值税的答复，仅对请示事项有效，同时对抄送机关有效。

其他税务机关遇到性质相同的事项也可以选择参照执行。

执行与不执行的选择权力在税务机关。

因此，该函不具有普遍适用性。

与流转税政策相矛盾

以股权转让方式转让房地产的行为，如果按照国税函[2000]687号文件的精神，认定为房地产转让行为，那么根据原《中华人民共和国营业税暂行条例》及其实施细则的有关规定，应按销售不动产或无形资产税目征收营业税。

但《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011第51号）规定：

“纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。”

同一交易行为，依据国税函[2000]687号被认定为房地产转让行为，需要缴纳土地增值税，而依据国家税务总局公告2011第51号却认定为不是房地产转让行为，不需要缴纳流转税。

对股权转让方式转让房地产的交易行为的法律性质应如何判定，税收政策相互矛盾。

实操中存在一系列问题

1、增值额难以确定。

土地增值税实行四级超额累进税率，而确定税率的关键就是确定增值额。

根据《土地增值税暂行条例》的规定，纳税人转让房地产所取得的收入，减除规定扣除项目金额后的余额，为应纳土地增值税的增值额。

以股权转让方式转让房地产的交易中，要确定增值额，首先要确定房地产转让收入和扣除项目金额。

扣除项目金额被转让企业账面有记载，容易获得。

房地产转让收入应如何确定，转让方获得的是股权转让收入，包括房地产价值、股本价值和其他资产价值。

哪些属于房地产价值，很难确定。

2、存在重复征税。

适用国税函[2000]687号对股权转让行为征收土地增值税，是对股权转让方征税，被转让企业的土地账面价值不会相应得到调整，股权收购方在购买被转让企业股权，获得该房地产后，无论继续开发后转让或直接转让，均只能以被转让企业账面记载的房地产开发成本作为计算土地增值税的扣除项目金额，不能将股权转让方已经缴纳的土地增值税计入扣除项目金额。

势必造成对同一房地产销售行为重复缴纳土地增值税的情况。

3、容易被规避。

国税函[2000]687号文件的适用，必须满足三个条件：

一是，股权转让行为为一次性行为；二是，转让100%股权；三是，以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物。

只有同时满足上述三个条件才能适用687号文件对以股权转让方式转让房地产的行为征收土地增值税。

如果以股权转让方式转让房地产行为的最终目的是为了避税，那么企业通过多次股权交易或者转让99%的股权，就不满足国税函[2000]687号的适用条件，是不征收土地增值税。