派出所扣留工商营业执照是否合法取决于其被扣留的原因，如果与其管理权限无关，那么这种执法行为就是违法的。在正常执法范围内的扣押是合法的。派出所的职责概括为:账户管理;向群众宣传法制，组织、动员群众打击违法犯罪行为;成立公安委员会;发现犯罪嫌疑人，教育、改造违法犯罪行为;预防、制止违法犯罪活动;管理特种行业，维护社会秩序，预防治安灾害、事故发生等。

法律依据:公安机关办理行政案件程序规定第六十条县级公安机关和当地派出所、具有独立执法主体资格的公安机关根据业务部门和出入境边防检查站的举报、申诉或者检举，对违法犯罪嫌疑人进行举报、申诉或者检举，对其他国家的案件，应当按照规定及时受理并进行网上登记。重复举报、正在办案、结案的，对检举、控告、检举、移交、自首的人应当说明情况，不得登记。