财政部近期大规模人事调整令外界推测该部门将是财税体制改革的绝对主导。但内部人士向《时代周报》透露，财政部只是执行单位之一，与央行等部际矛盾难解，且涉及地方财税收入纠葛，“不要说绝对主导权，连主导权都未必有。”

《时代周报》报道称，有财权的部委间的矛盾至少存在了十几年。主要集中在：

1、财政部通常主张分权，分出类似金融国资委类的职能部门，而央行等部委则主张合权，因为权力分散影响政策与业务执行。

2、国库管理权。推行经济市场化以后，金融管制放开，央行又被分权，所以其指定国库的开户权含混，难以监管各级国库。财政部也无法掌握数据，无法与央行相互监管。

一位资本运作人士向《时代周报》透露，2006年以前，多数高端资本运作项目几乎都以县市一级财政局管控的国库款项充当原始资本。这类基层财政局的局长或主管通过打白条的方式调出资金投资高风险项目，赚了就将小部分收益分给政府，赔了就克扣以后年度的上级拨款及隐瞒地方收入。

接近立法修订层面的人士表示，这是传统思维模式及现代理念冲突后，在现阶段缺失有效约束的情况下造成的恶果。不过财政部有关人士认为，上述情况不能归罪于央地国库属权分工，当初这样设计的初衷，除了平衡央地财政矛盾外，更主要的还是限制央行的权力过大。

另外，在《预算法》修订后，财政部可能左右为难。因为该法案将约束地方债发行，让中央与地方共担地方债风险，财政部如果不允许地方发债将得罪地方，允许发债又得承担地方违约的风险。

随着税改推进，政府与企业、中央与地方的税得分配矛盾必然升级。

“营改增”最终可能使很多企业税赋增加，真正得到实际减税利好的，只有年销售额低于50万元的小规模销售企业，他们的税率从6%下调至3%。一旦企业年销售额超过50万元，就会自动被税务系统纳入17%的征管范围。

此前，已有经济学家建议我国的消费税应该从2010年占GDP比重的1.7%，提高到2.26%。国泰君安首席宏观经济研究员任泽平估计，通过调整消费税的开征范围，可弥补地方财政缺口甚至可达1万亿。

有注册税务师认为，绝不可以广泛滥征消费税，最佳方法是尽快合并国税与地税，最终实现机构精减。