一般情况下，如果商标转让后发生侵权纠纷，应由侵权方和受侵权方协商解决，如无法解决，可以通过诉讼解决。

具体来说，受侵权方可以向人民法院提起诉讼，主张自己作为商标权利人的权利受到侵犯，要求侵权方停止侵权、消除影响、赔偿损失等。如果商标已经转让给第三人，原商标权利人也可以对侵权行为提起诉讼，并在诉讼中说明商标的转让情况和限制条件。

需要注意的是，商标转让过程中，如果存在商标被抵押等担保情况，且侵权人是商标权利质权人，此时侵权人拥有优先权，应当优先受偿、处理侵权事宜。

总之，在商标转让后发生侵权纠纷时，相关各方需了解自身的权利义务，按照法律程序解决纠纷，并在商标转让合同中规定转让后的权利义务清晰明确，以减少纠纷发生及处理上的成本和风险。