个人所得税专项附加扣除申报方式有两种：通过扣缴义务人申报或综合所得年度自行申报。

1、从个人所得税APP系统提示，我们可以看到：由任职单位申报，是在每月预扣预缴申报个人所得税时逐月扣减；由自己电报时，是按年度在综合所得年度汇算清缴时一次性扣除。

2、个人所得税预扣预缴：是按照累计预扣法计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。

3、什么是累计预扣法？

累计预扣法：指扣缴义务人在一个纳税年度内预扣预缴税款时，以纳税人在本单位截至当前月份工资、薪金所得累计收入减除累计免税收入、累计减除费用、累计专项扣除、累计专项附加扣除和累计依法确定的其他扣除后的余额为累计预扣预缴应纳税所得额，适用综合所得个人所得税预扣率表，计算累计应预扣预缴税额，再减除累计减免税额和累计已预扣预缴税额，其余额为本期应预扣预缴税额。

余额为负值时，暂不退税。纳税年度终了后余额仍为负值时，由纳税人通过办理综合所得年度汇算清缴，税款多退少补。

4、累计预扣法计算公式如下：

本期应预扣预缴税额=(累计预扣预缴应纳税所得额×预扣率-速算扣除数