在商标转让协议的签署过程中，签字和盖章都可以作为有效的确认方式。签字是最常见的确认方式，但盖章也是一种法律通用的确认方式。因此，在商标转让签字还是盖章哪个有效的问题上，两者都是有效的确认方式。

一、商标转让签字还是盖章有效

1、签字确认方式

签字是最常见的确认方式之一，指双方在商标转让协议上签下自己的名字以示同意和认可。签字形式可以是手写、电子或数字签名等方式，均属于法律通用的确认方式之一。签字需要保证本人确认和真实性，并且不得涂抹、篡改等行为。

2、盖章确认方式

盖章是商业活动中经常使用的确认方式之一。商标转让协议的盖章形式包括公章、合同专用章、财务专用章等多种方式，根据不同情况具体选用。盖章时需确保章面清晰、印泥鲜艳，以确保盖章的真实性和合法性。

二、商标转让协议中确认方式的约定

商标转让协议中应当约定确认方式，以确保确认结果的合法性和真实性。在签署协议前，需仔细阅读协议条款，确认确认方式的约定内容。

三、商标转让的注意事项

在商标转让协议签署过程中，需注意以下问题。首先，在签字或盖章前，应当认真阅读协议条款并核实相关信息，确保协议的真实性和合法性。其次，选用签字或盖章方式时，需遵守相关法律规定，确保确认结果的合法性和有效性。最后，在商标转让协议签署完成后，需妥善保管协议文件，以备后续需要。

综上所述，商标转让签字还是盖章都是有效的确认方式，具体选用哪种方式应根据自身情况和商业惯例进行选择。在商标转让协议签署过程中，需确保确认方式的约定内容、遵守相关法律规定，以确保确认结果的合法性和有效性。