两种方式在本质上并无差别，主要是提交的资料和联系方式不一样，自己注册商标局联系的是本人，而机构代理则联系的是代理公司，后者往往能够给您本人节约大量的时间（商标代理请到“创名企服快车”）

联系方式的区别：

直接到商标局办理的，在办理过程中申请人与商标局直接发生联系；委托商标代理机构办理的，在办理过程中申请人通过商标代理机构与商标局发生联系，而不直接与商标局发生联系。

提交书件的区别：

直接到商标局办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交经办人本人的身份证复印件；委托商标代理机构办理的，申请人除应提交的其他书件外，应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的代理委托书。

文件递交方式：

申请人自行办理的，由申请人或经办人直接将申请文件递交到商标注册大厅受理窗口；商标代理机构可以将申请文件直接递交、邮寄递交或通过快递企业递交商标局，也可以通过网上申请系统提交商标注册申请。

文件送达方式方面：

在文件送达方式方面，申请人自行办理的，商标局的各种文件是送达当事人；委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构。