我国驰名商标认定在实行法院认定与行政认定的双轨认定机制的同时，就不得不面对两者之间可能发生的认定冲突。

事实上，由于1996年颁布的《驰名商标认定和管理暂行规定》中排他性的表达方式，以及我国行政机构一贯比较强势，法院对驰名商标的认定权显得很不清晰，在实践中更未实施过。

而世界知识产权组织中的“保护驰名商标问题专家委员会”的倾向性结论却认为鉴于相当多的商标注册机构不具备评价一商标是否驰名或者收集结论性证据的充分能力，不应将认定驰名商标的职权赋予商标注册机构。

法院在审理案件时不仅要考虑有利于认定驰名商标的证据，而且要考虑相反的证据，比行政机构仅依据企服快车的证据作出决定更为客观。

但法院认定驰名商标与行政认定之间，并不存在着必然的冲突，更没必要去完全取代行政认定。

在驰名商标认定双轨制模式下，行政认定可以继续存在与加强，但只在行政系统内有拘束力。

在审判过程中，行政认定的结果可以作为权威机构出具的鉴定结论，即证据的一种来使用。法庭应有权根据双方当庭提交的证据，决定是否采纳行政认定的结果，是否进行司法复核，而没有义务接受行政认定的结果。

对未经行政认定的商标驰名与否，法院应当有权直接作出裁决。

也就是说，鉴于驰名商标认定的复审和司法审查制度，商标局和法院对驰名商标认定权的效力是不相同的。

商标局的认定权不具有终局性，应接受商标评审委员会的复审及人民法院的司法审查。

相反，法院对驰名商标的确定权具有终局效力，直接决定了驰名商标的最终归属。这也体现出现代法治文明发展的一般规律。