公路工程二级总承包公司是指具有法人资格的企业，可以承担公路工程施工总承包的业务，其资质标准由国务院住房城乡建设主管部门会同国务院交通运输主管部门制定。公路工程二级总承包公司在资质证书有效期内，如果发生名称、地址、注册资本、法定代表人等变更，或者需要升级、增项资质的，应当按照相关规定办理资质变更手续。

根据《建筑业企业资质管理规定》，公路工程二级总承包公司的资质许可机关是企业工商注册所在地的省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门。因此，公路工程二级总承包公司的资质变更也应当向该部门提出申请，并提交以下材料：

建筑业企业资质变更申请表及相应的电子文档；

企业营业执照正副本复印件；

企业章程复印件；

企业资产证明文件复印件；

企业主要人员证明文件复印件；

企业资质标准要求的技术装备的相应证明文件复印件；

企业安全生产条件有关材料复印件。