高新技术企业专项审计，是指依据高新技术企业认定办法相关规定，对近三年的研发费用支出情况及高新技术产品（服务）收入情况进行审计，出具审计专项报告。报告主要用于企业申办高新技术企业或高新技术企业复审使用。提供给科委、财政、税务、工商单位及管理层和董事会等相关部门。

高新技术企业认定专项审计需要注册会计师对申报企业的研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表发表审计意见，而申报企业的研究开发费用和高新技术产品(服务)收入的发生频率往往较高，单纯实施实质'陛测试难以为专项审计意见提供充分适当的审计证据，因而，注册会计师对申报企业内部控制的了解和测试就成为降低审计风险的重要方法。

高新技术企业专项审计工作从业务承接到完成通常要经过以下步骤：

1、会计师事务所和高新技术企业专项审计单位进行初步沟通了解，确定高新技术企业专项审计目的、审计范围、审计收费等；并签订业务约定书；

2、会计师事务所安排项目组，下发委托方高新技术企业专项审计准备的资料清单；

3、被审高新技术企业专项审计单位按照资料清单准备相关审计资料，并确定现场审计时间。

4、现场审计阶段；

5、审计情况汇总和形成审计报告初稿；

6、与被审高新技术企业专项审计单位交换意见；

7、出具正式审计报告。