我国上海公司注册机关的选择与设置所存在的问题，引起了学者的非议。有人提出改采法院主管模式，由法院主管上海公司注册事务。甚至也有人提出可以考虑由商会主管上海公司注册事务。笔者的基本观点是：

虽然我国现行上海代理公司注册机关的构置及其实践存在若关主管模式是相对较为适合的，法院主管模式和商会主管模式均不太适合我国。

由商会组织主管上海公司注册事务，虽然有其优势，如它符合“苗条国家”的需要，它有利于克服行政公权对私权的侵蚀。是，商会主管也存在其致命的弱点，主要缘于商会不是国家机，不能保障注册上海公司机关选择和设置的权威和统一的原则要，势必影响商会组织进行上海公司注册的效；率和质量。正灸前文所主管模式。即使在德国发生了工行会与法院的管辖权之争，但也并不能充分说明行会主管的合理性、科学性。