《里斯本协定》还首次构建了原产地名称的国际注册制度.协定第1条第2款指出,本联盟各国承诺,依照本协定的规定,在其领土内保护本联盟其他国家产品的原产地名称,即凡协定签字的国家必须承认并保护在世界知识产权组织国际局注册的名称.协定后文所制定的注册程序实际上仿照了商标制度的国际注册程序.注册由一国的主管机关以最终的原产地名称使用人的名义来申请,之后的流程也基本与一般商标注册所经过的申请、调查、公布、异议等程序相似.

再者,《里斯本协定》对于地理标志商标的保护范围进行了扩大,《里斯本协定》第3条明文规定:"防止任何假冒和仿冒,即使标明产品真实来源,或者使用翻译形式,或者附加'类''式''样''仿'字样等名称."这一条款配合协定的其他规定,使地理标志商标的保护力度得到空前提高.其一,该协定规定所有类别的产品都不能侵犯地理标志商标,不存在例外产品需要额外的保护.其二,防止任何形式的假冒与仿冒,附加协定对地理标志商标的国际注册,认定只有符合标准的原产地名称才能得到保护.法官直接根据产品是否已注册了原产地名称,即可以判断是否要对该标志进行法律保护,而无须列举其他证据.

在解决商标权利与原产地名称的冲突方面,《里斯本协定》第5条第6款规定,凡经注册的原产地名称优先于商标.已获注册的商标在原产地名称受到保护后,商标所有人需在一定期限内结束该名称的使用.地理标志商标权利优先的原则彰显了《里斯本协定》更加侧重对原产地名称的保护.

在防止原产地名称的淡化方面,《里斯本协定》第6条规定:"根据第5条规定的程序,一个在特别联盟国家受到保护的原产地名称,只要在原属国作为原产地名称受到保护,那么在另一国也应视为原产地名称."

不难发现,欧洲国家主导的这一协定对原产地名称的保护程度是非常高的,所以一些历史悠久、地理产品资源丰富的国家很欢迎这一协定.协定中关于原产地名称的定义得到了70多个国家在立法上的呼应.但是,如此高的保护水准也阻止了更多的新兴国家加入这一协定,迄今为止全世界只有27个国家加入《里斯本协定》.