在自然人股权转让过程中，要计算股权转让所应缴纳的个人所得税，就必须搞清楚股权转让的价格，股权的原值及合理税费。用股权转让的价格减去股权的原值及合理的税费，就是股权转让的应纳税所得额，杭州公司注册再用应纳税所得额乘以20%，就是股权转让个税的应纳税额。

股权转让的价格，一般情况下就是转让双方达成的交易价格，股权的原值就是卖方当初取得股权的价格。合理的税费就是在股权转让时所交纳的税费。它主要包括：

1、 印花税。按《印花税法》的规定，股权转让，按为产权转移书据所列的金额的万分之五征收印花税。

2、 评估费。对股权转让中，被转让股权的企业。其土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等，占企业总资产20%以上，企业应当向主管税务机关提供具有法定资质中介机构出具的资产评估报告。资产评估所支付的费用，属于合理的费用。

3、中介费。在股权交易过程中，无论是合同的签订，还是股权登记的变更，杭州公司注册都需要律师提供相关的服务。为此需支付一定的律师费，属于合理的费用。

既然有合理的费用，自然也会有不合理的费用。不合理的费用也有以下几种：

1、天价的中介费。无论是支付的评估费还是律师费，都应该按规定的收费标准支付，对为少交税款而支付的天价中介费，不属于合理费用。

2、代被投资企业还债。被投资企业所欠的债务应当由被投资企业自己偿还，作为投资者的股权受让方，代被投资企业偿还的债务，不属于合理费用。

3、支付给不相关第三方的费用。股权交易只涉及到买方与卖方。杭州公司注册支付给与与股权转让没有任何关系第三方的费用，不属于合理费用。

4、买方发生的费用。在购买股股权的过程中，买方会发生一些费用，比如，印花税，中介费等等。买方发生这些费用不属于股权交易中的合理税费。