当企业的税务筹划方案被税务机关否定时，首先需要保持冷静，并采取一系列措施来应对和处理这一情况。以下是详细的应对措施和建议：

分析原因

事前规划的重要性

税务筹划应在业务发生前进行，确保所有操作均符合税法规定。一旦经营行为已经发生，再进行筹划可能被视为偷税漏税。

会计核算规范的重要性

会计核算不规范是导致税收筹划失败的一个重要原因。企业应确保会计记录真实、准确，避免因会计处理不当而引起税务机关的怀疑。

应对措施

与税务机关沟通

主动沟通

及时与税务机关取得联系，了解否定方案的具体原因。通过沟通，可以更好地解释企业的税务筹划意图，争取税务机关的理解和支持。

调整税务筹划方案

重新评估和调整方案

根据税务机关的意见和建议，重新评估和调整税务筹划方案，确保其符合税法规定。在调整过程中，应特别注意避免任何可能导致误解或争议的操作。

加强内部控制

完善内部控制体系

建立和完善内部控制体系，确保税务筹划方案的合法性和合规性。这包括加强内部审计、规范会计记录等措施。

寻求专业帮助

聘请税务顾问

考虑聘请专业的税务顾问，为企业提供税务筹划方面的专业建议和支持。税务顾问可以帮助企业更好地理解税法规定，避免因操作不当而引起税务风险。

预防措施

增强税收筹划意识

提高企业对税收筹划的认识

企业应加强对税收筹划的认识和理解，认识到税收筹划的重要性及其对企业发展的积极作用。通过提高认识，企业可以更好地进行税务筹划，降低税务风险。

遵循税收筹划原则

严格遵循税收筹划原则

在进行税务筹划时，企业应严格遵循不违法性、成本收益及综合利益最大化等原则。只有遵循这些原则，企业才能确保税务筹划方案的合法性和有效性。

加强风险控制

建立风险管理体系

建立和完善风险管理体系，对企业税务筹划方案进行全面的风险评估和控制。通过加强风险控制，企业可以降低税务风险，确保税务筹划方案的顺利实施。

总之，当企业的税务筹划方案被税务机关否定时，应采取积极的应对措施，并与税务机关保持良好的沟通。

同时，企业还应加强内部控制，寻求专业帮助，并增强税收筹划意识和遵循税收筹划原则，以确保税务筹划方案的合法性和有效性。