与此同时，国家工商总局特别加强了对港澳台企业商标专用权的保护力度，以切实维护港澳台地区商标注册人的合法权益。

2009年，国家工商总局加大涉台地理标志和农产品商标的保护力度，出台《关于支持海峡西岸经济区建设的意见》，要求在商标审查、异议裁定和争议裁定中坚决制止以不正当手段抢先注册台湾农产品知名商标的行为，依法保护台湾农产品商标专用权和加大对台湾农产品知名商标的保护力度。

同年，国家工商总局商标局即协调解决了台湾“台湾啤酒”、“Wish”珠宝商标以及台湾摩卡食品公司“摩卡”商标等案件，并对澳门大自然投资控股有限公司注册并使用在商品和服务国际分类第19类“地板”等商品上的“大自然”注册商标予以扩大保护。

各地工商部门也加大了对港澳台企业商标专用权的保护力度。

2010年，厦门市工商局在积极推进商标战略实施的同时，先行先试，将台资企业商标纳入商标保护战略，主动为台资企业商标保护提供专业指导，协助企业开展商标提升及维权工作，先后查处侵犯正新、金门高粱酒商标专用权两件大要案。

2013年，长春市工商局商标分局查获当事人顾德会未经许可擅自使用与他人相近似的服务商标，侵犯台湾“85度C”注册商标专用权的行为，经研究决定，责令当事人立即停止侵权行为，同时予以处罚。

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