在马德里注册商标的弊端有成员国的局限性，马德里联盟成员国成员主要都是欧洲 ，而且都是与我国贸易联系亲密的较少、在马德里注册商标的弊端有商标注册/申请基本，马德里商标注册必需是以国内商标注册或国内商标注册申请为基本。

在马德里注册商标的弊端有无法享受到《保护工业产权巴黎公约》所规定的优先权，马德里协议要求以基本注册为前提，若要完成基本注册，一般都需要一年以上的时间才行的，更不用说在六个月时间内完成了，所以若是等基本注册完成的话，早就已经超越六个月的优先权期限了。

在马德里注册商标的弊端有中心打击原则，通过马德里注册的商标，如果在注册之日起五年之内，基本注册与申请全体或部分被驳回、撤回、注销、取消、废弃以及宣布无效的话，那么，其效率及于所有指定国，即该商标不得再要求国际注册给予的保护，而不管该商标的国际注册是否已经被转让、如果产生“中心打击”的问题，申请人可以自商标被撤销之日起三月内，向所指定的议定书成员国商标主管机关提交一份申请书，并依照各成员国的有关规定缴纳相应的费用，将该商标的国际注册转换为在该 的 注册。

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