简而言之，增值税专用发票可在抵扣时进行抵扣，增值税普通发票不能抵扣；增值税专用发票开票时，需要购货方提供的详细资料，不需要普通发票，增值税专用发票在使用时为无限制时间，增值税普通发票的有效期为2个月。

以下是具体细节差异：

一、用途不同。

特种发票一般用于一般纳税人之间从事生产经营增值税的应税项目；而普通发票可用于所有纳税人的一切经营活动，当然也可用于一般纳税人的生产经营增值税。

第二，作用不同。

一般发票只是一种商业凭证，而专用发票既是一种商业凭证，又是一种扣税凭证。

票面反映内容不一样。

特殊发票不仅应包括一般发票所记载的内容，还应记录购销双方的税务登记号、地址、电话、银行帐户、税款等。

四、结合不一样。

特殊发票不能只是一般发票的联次，更要有扣税联。

反映的价格不一样。

一般发票所反映的价格是含税价，而税金和价格并没有分离；专用发票反映的是不含税价，由税金和价格分开计算。

对于增值税、非增值税小规模纳税人，增值税专用发票不能办理。

因此，开出普通发票与专用发票计算增值税是相同的，但开专用发票，买方有条件可以抵扣(例如，购货方是一般纳税人)开普通发票、农业发票、运输发票小规模购买税控机外，可在规定期限内抵扣)，进项税额可以抵扣，开普通发票、农产品发票、小规模购买税控机买方都无法抵销。