税务稽查部门在调查中通过调取公司银行资金收付情况，走访部分客户，掌握了充分证据，责成A公司补缴相关税收并处以罚款。

案情分析：A公司承认将协议金额的50%直接付给员工，不列入公司收入确实不符合规定，是少计收入；但对稽查员提出付给员工的50%金额需代扣代缴个人所得税表示异议。他们认为，既然公司已经同意将这50%的金额计入公司收入，计缴增值税，说明该收入是公司收入，既然是公司收入，为何还要按个人收入缴纳个税？

稽查员认为，根据增值税和企业所得税相关法规规定，上述业务中企业应将协议金额全额计入公司收入缴纳增值税和企业所得税，这没问题。而对于个人所得税，从实质上看，企业员工以“50%”提成的方式取得了这笔钱，这笔钱实际上是企业给予员工的绩效工资，应视作员工的薪酬，当然要缴纳个人所得税。

这一现象在实务中十分普遍，很多小企业往往通过这种方式来“控制税负成本”，但这种操作实际上已经违法。

法规依据：《增值税暂行条例》第六条规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用……

《企业所得税法》第六条规定，企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。

《个人所得税法实施条例》第八条规定，税法第二条所说的各项个人所得的范围：

（一）工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得……

《税收征收管理法》第六十三条规定，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

第六十九条规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。

《国家税务总局关于贯彻lt;中华人民共和国税收征收管理法gt;及其实施细则若干具体问题的通知》（国税发[2003]47号）第二条关于扣缴义务人扣缴税款问题的规定，……扣缴义务人违反征管法及其实施细则规定应扣未扣、应收未收税款的，税务机关除按征管法及其实施细则的有关规定对其给予处罚外，应当责成扣缴义务人限期将应扣未扣、应收未收的税款补扣或补收。

处理结果：依据相关规定，向A公司追缴增值税、企业所得税等各类税收30余万元，并处应缴税款50%的罚款15万余元。

同时，责成A公司补扣补缴员工个人所得税10余万元，并处补扣补缴个人所得税的50%罚款5万余元。

税官建议：增加企业活力和利润，需要采用合理合法的手段，降低税负成本，可以科学税收筹划，但千万不能触及法规底线。