商标协议是一种合同，其合法性需要遵循相关的法律规定。商标权是由法律保护的产权，商标协议的合法性需要基于该产权的法律基础上建立。

商标协议主要包括商标许可协议、商标转让协议等。其中，商标许可协议指商标注册人授权他人使用其商标，商标转让协议则是指商标注册人将其所有权转让给他人。这些协议中需要明确商标的使用范围、期限、地域、价款支付方式等重要信息，并符合法律规定。

为预防风险，签订商标协议前需要进行详细的尽职调查。尽职调查应包括商标的是否已经被注册、商标的知名度、潜在的侵权或不良记录等情况。此外，商标协议也需要遵循反垄断法、知识产权法等相关法律规定。签署协议前需要详细阅读并确定自己的权利和义务，对条款进行逐条分析，并请专业律师协助审查和修订协议，以免未来发生纠纷或风险。

总之，商标协议的合法性需要遵循相关法律规定，并在签约前进行充分的尽职调查。签署协议时，应当仔细阅读，确保自身权益受到保护，避免未来发生纠纷或风险。