商标异议案件中，根据《最高人民法院关于审理商标权纠纷案件适用法律若干问题的规定》等相关法规规定，商标异议案件中应当由败诉方承担诉讼费用。具体处理方式如下：

1. 对于主张商标权的异议人，在案件胜诉的情况下，其支出的合理费用可以申请由败诉方承担。这些费用包括：律师费、交通费、餐费等。

2. 对于被异议人，在案件胜诉的情况下，其可以申请由异议人承担其因此案发生的合理支出。这些费用包括：律师费、交通费、餐费等。

3. 若是双方都有责任，双方都可承担一部分。

总之，在商标异议案件中，诉讼费用是一个比较重要的问题，有效地解决费用问题可以保证各方合法权益得到保障，也可以减少商标纠纷的发生。