国家税务总局《关于印发〈增值税问题解答〉的通知》规定，对纳税人倒闭、破产、解散、停业后销售的货物，应按现行税法的规定征税。对纳税人期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分，税务机关不再退税。

根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，贵公司注销时留抵的增值税进项税额不予以退税。

根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十一条的规定，企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加，准予在计算应纳税所得额时扣除。虽然一般纳税人注销时留抵的增值税进项税额不予以退税，但在计算应纳税所得额时是准予扣除的。