建筑公司资质的部门审批有很多，但主要的审批部门还是建设行政主管部门，有一些少数资质需要两个部门的同时审批，比如交通部门、水利部门、通信部门和铁道部门。具体分析如下：

1、当建筑企业想要办理三级专包资质或三级总包资质时，企业所在地的建设行政主管部门，也就是住建局可直接审批;

2、然后是属于省级住建主管部门，主要审批专包一、二级资质和总包二级资质，值得注意的是：铁路专包三级资质和通信、铁路总包三级资质也是由住建厅审批办理，而铁路、民航的二级专包资质和公路、水利、铁路等一级专包资质需由住建部许可;

3、住建部是直属国务院下，审批权限最高的住建部门，特级资质、一级总包资质、个别特殊一、二级专包资质都是由住建部审批的;

4、企业办理公路、通信、水运等特殊资质时，不仅要通过住建部门的审批，还需要得到另一对应的相关部门许可。比如，最低等级(三级、丙级)建筑资质由企业注册所在地市州级建设主管部门，而二级、乙级级别由省厅审批，而高等级(甲级、一级)由住建部审批;公路、水利等资质会涉及到交通厅和水利厅多部门联审;资质改革后，审批权限还会发生变化，主要涉及监理，公路和水利由原来建设厅改变为交通厅和水利厅。