1.会计基础工作不规范，机构设置不完善，人员配备不符合要求，岗位不兼容。一些行政事业单位由于机构设置的原因没有专门的财务机构，会计人员大多是兼职，没有资格的硬性要求。会计业务一般通过会计中心等会计机构。有的单位过于依赖会计中心，财务管理弱化，日常工作只通过账单反映，缺乏有效沟通，相关业务人员责任心不强，导致多年来余额过大。

2.财务职能定位不准确。会计的主要功能是会计和监督。财务部门在各项事务中的参与可以提高行政事业单位财务管理的质量。但在实际工作中，单位领导往往注重业务管理，而不是财务管理。财务人员通常是“钱袋”、“会计”的角色，基本上不参与各种事务，领导对财务的理解仍然停留在后勤保障上。

3.资产管理混乱，账实不符。部分行政事业单位长期未对固定资产进行盘点和清理，单位内部资产转让、变更和处置手续不完整，实物资产账实严重不一致：部分使用多年已报废的办公设备和大型建筑已拆除的房屋仍在固定资产账面上；发行和临时机构购买的资产未办理转让手续，长期反映在单位固定资产账面上。

4.新制度实施不到位。新的资产管理制度避免了事业单位资产管理的漏洞，但由于财务人员自身因素和财务软件没有及时升级，大多数事业单位没有实施。

5.对预算编制的重要性认识不足，特别是专项资金的预算编制，简单采用增量法；部分单位未将预算外资金纳入单位预算。

6.未建立年终结算和往来账户清算制度。许多单位往来账户年限长，占流动资产的比例较大，特别是一些因机构改革或其他原因转让、合并的单位，其债权债务只是简单合并，长期账户，有些无法追溯，成为坏账、坏账；部分专项工程预付款未结算，虚假增加结转余额，影响决算数据。