目前，虽然基层政府已经开展了财政资金绩效审计，但由于我国政府财政资金绩效审计起步较晚，目前的“瓶颈”主要表现在以下几个方面：

首先，没有形成一定的绩效审计标准评价体系。

不同地区的基层政府在财政资金绩效审计中涉及不同的范围和项目。我们没有公认的评价标准，这无疑是基层政府财政资金绩效审计工作的严重障碍。在没有统一的评价标准的情况下，审计人员凭借个人经验和理解对政府资金绩效审计工作进行评价，成本和收益无法有效评价，导致审计结果参差不齐。

同时，绩效审计的评价更加灵活，降低了审计结果的可靠性，提高了审计风险。

二是事后审计监督对提高资金使用效率的作用很小。

我国的审计监督大多停留在事后审计监督层面，事后审计重点是发现问题和整改问题，无法弥补造成的损失。这一特点使得政府资金的绩效审计只能停留在评价上，提出的整改措施无法挽回现阶段发生的经济损失。因此，政府资金绩效审计可能取得显著成效，但也失去了审计的真正意义，无法保证国有资金的高效使用。

三是基层审计人员审计知识面窄，审计技术单一，难以满足绩效审计综合评价的要求。

基层审计人员多为财务审计和工程审计专业人员。面对政府资本绩效审计的评价需求，包括经济效益、社会效益、环境保护效益等方面，由于缺乏全面的知识，审计过程中往往无法开始。结合缺乏审计绩效评价标准依据，基层政府绩效审计结果不够全面，评价不够合适，甚至无法评价。