工商行政管理机关是处理商标侵权行为的行政执法部门.依《商标法》和《商标法实施条例》的规定对商标侵权行为,包括被侵权人在内的任何人都可以向侵权人所在地或者侵权行为地县级以上工商行政管理机关控告或检举.被侵权人也可以直接向人民法院起诉.所谓侵权人所在地,是指侵权人单位住所地（即民法意义上的住所地）或户籍所在地;所谓侵权行为地是指侵权人实施侵权行为所在地,即侵权商标的商品制造销售的地区,应当包括侵权行为地和侵权结果发生地.规定有权管辖商标侵权案件的行政执法部门不限于侵权人所在地的工商行政管理机关,对于防止某些地区基于地方保护主义,而对商标侵权行为采取放任甚至纵容的态度,无疑是很重要的

工商行政管理机关在接到控告或检举以及自己查获的商标侵权案件之后,认为确有依据的,应予立案,并本着"以事实为依据以法律为准绳"的原则,认真进行调查研究.在查清事实分清责任的基础上,对已构成商标侵权行为的,从案件的具体情况出发,给予责令停止侵权行为、罚款等处理.同时,应被侵权人的请求,可以对侵权赔偿数额进行调解.被侵权人要求侵权人赔偿损失的应当选择计算经济赔偿数额的方法.对这种侵权赔偿纠纷案件,工商行政管理机关在依法制止商标侵权行为的前提下,在当事人双方自愿的基础上,可以采取必要的行政调解手段,使案件得以妥善解决.调解不成告知当事人向法院起诉.对商标侵权行为中假冒他人注册商标的,如果情节严重,构成犯罪的,工商行政管理机关应移送司法机关追究刑事责任,绝不能以罚代刑.对此,国家工商行政管理局于1994年11月22日发出的《关于工商行政管理机关查处商标违法行为工作中若干问题的意见》中指出:工商行政管理机关查获的假冒注册商标行为,已达到最高人民检察院《关于假冒商标犯罪立案标准的规定》,而工商行政管理机关尚未立案的应移送人民检察院立案处理;工商行政管理机关已经立案的,应依照《商标法》的有关规定作出处理后,及时移送人民检察院.对人民检察院立案侦查后认为不构成假冒商标罪移送工商行政管理机关的案件,有管辖权的工商行政管理机关经审查认为符合受理条件的,应立案受理.

商行政管理机关在查处被侵权人投诉的商标侵权案件过程中,被侵权人应当向工商行政管理机关提供有关商标侵权的事实证据;其他人举报的案件,举报人应当提供证据线索.

对已立案的商标侵权案件,工商行政管理机关在调查取证时可以行使下列职权:

（1）询问有关当事人;

（2）检查与侵权有关的物品,必要时,可以责令封存;

（3）调查与侵权活动有关的行为;

（4）查阅复制与侵权活动有关的合同、帐册等业务资料.在行使这些职权时有关当事人应予以协助,不得拒绝.

当事人对工商行政管理机关作出的制止侵权行为和罚款的处理决定不服的,可以在收到决定通知之日起15日内向人民法院起诉.逾期不起诉又不执行的,作出处罚决定的工商行政管理机关依法申请人民法院强制执行.