案例：甲公司设有A、B、C三个分支机构，其中A在西部地区从事国家鼓励产业享受15%的税率，甲公司和B、C都是25%的税率。

2010年第一季度，三个分支机构应纳税所得额分别为500万元、300万元、200万元。

根据《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）规定，总机构统一计算的当期实际应纳所得税额，50%由总机构预缴，50%在各分支机构间分摊预缴，各分支机构再依据经营收入、职工工资和资产总额三个因素及相应权重，计算分摊比例。

A、B、C三个分支机构按规定计算出的分摊比例分别为20%、30%、50%。

甲公司的汇总纳税计算过程如下：

1.计算划分各机构应纳税所得额：

（1）总机构500万元（1000×50%）；

（2）A机构100万元（1000×50%×20%）；

（3）B机构150万元（1000×50%×30%）；

（4）C机构250万元（1000×50%×50%）。

2.按总机构和各分支机构所在地适用税率计算应纳税额：

（1）总机构125万元（500×25%）；

（2）A机构15万元（100×15%）；

（3）B机构37.5万元（150×25%）；

（4）C机构62.5万元（250×25%）。

甲公司预缴所得税总额为240万元。

甲公司上述计算的总机构和各分支机构应分摊的所得税额对不对呢？

对于总分支机构适用税率不一致时如何进行汇总纳税，《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财预[2008]10号）规定的处理原则是“分别计算应纳税所得额、应纳税额，分别适用税率缴纳”。

此后，国税发〔2008〕28号文件又作了进一步明确，即先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按文件规定的比例和各分支机构三个因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。

甲公司的计算虽以该文件为依据，但根据此后相关文件的进一步解释，还要看甲公司是内资企业还是外资企业，因为，内外资企业的汇总纳税的方法和结果是有区别的。

一、如果甲公司为内资企业。

根据《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号），总分支机构适用不同税率时，根据国税发[2008]28号文件计算的总机构和各分支机构应纳税额，并不是各自应就地预缴税额，而应该将计算出的各机构应纳税额加总后，再按照规定的比例和各分支机构三个因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税额。

如此，甲公司在汇总纳税时就应以国税发[2008]28号文件规定的比例和三个因素及其权重为依据，进行两次分配。

首先对全部应纳税所得额进行分配，以得出企业应纳税总额；然后对应纳税总额进行分配，以确定各分支机构就地预缴的企业所得税额。

那么甲公司的上述处理就只完成了第一步，即计算出了企业应纳税总额为240万元，接下来还应继续对应纳税总额进行分配，以确定总分支机构就地预缴所得税额：

（1）总机构：240×50%＝120（万元）；

（2）A机构：240×50%×20%＝24（万元）；

（3）B机构：240×50%×30%＝36（万元）；

（4）C机构：240×50%×50%＝60（万元）。

这种计算方法既可防止企业将利润由高税率地区向低税率地区转移，也有利于均衡各地税收利益。

二、如果甲公司为外资企业。

新税法实施前，外资企业以法人作为纳税主体，但根据《关于外商投资企业分支机构适用所得税税率问题的通知》（国税发[1997]49号），外资企业设在我国境内的从事产品生产、商品贸易、服务等业务的分支机构，其生产经营所得应适用该分支机构所在地同类业务企业适用的税率，由总机构汇总缴纳所得税。

如果A是在2007年3月16日之前设立的且依据原外资企业所得税法的优惠规定已享受有关税收优惠，同时符合《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》所列政策条件的，根据《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税[2009]69号），A可以单独享受企业所得税过渡优惠政策。

优惠过渡期结束后，再统一依照国税发[2008]28号文件的相关规定执行。

如此，A单独适用减低税率优惠过渡政策，就地预缴所得税为500×15%×50%＝37.5（万元），甲公司汇总缴纳的所得税为500×15%＋（300＋200）×25%＝200（万元），总机构分摊50%即100万元。

由于B和C适用税率相同，B和C就地预缴所得税额为（300＋200）×25%×50%＝62.5（万元）。

可见，分支机构同样享受低税率优惠，但情况不同，其汇总纳税的方法和结果也明显有差异。