《国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》(国家税务总局公告2011年第78号)规定，增值税一般纳税人取得的增值税扣税凭证已认证或已采集上报信息、但未按照规定期限申报抵扣;实行纳税辅导期管理的增值税一般纳税人、以及实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人，取得的增值税扣税凭证稽核比对结果相符但未按规定期限申报抵扣，属于发生真实交易且符合本公告第二条规定的客观原因的，经主管税务机关审核，允许纳税人继续申报抵扣其进项税额。

该公告中“主管税务机关”指的是县级税务局还是基层税务分局(所)?其实，税收政策文件中“主管税务机关”、“征收机关”指县级以上税务局，且早有明确规定。

政策依据：《国家税务总局关于明确流转税、资源税法规中“主管税务机关、征收机关”名称问题的通知》(国税发〔1994〕232号)规定，在增值税、消费税、营业税、资源税暂行条例、实施细则及相关文件中，对“主管税务机关”、“征收机关”已作了解释，但是，由于各地国家税务局和地方税务局机构的分设，原名称所指已发生变化，现重新明确如下：

《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十六条第二款中所称“主管税务机关、征收机关”，指国家税务总局所属的县级以上国家税务局，第二十八条、第三十二条第四款中所称“国家税务总局直属分局”，指省、自治区、直辖市国家税务局，也包括享有省级经济管理权限城市的国家税务局。

《中华人民共和国消费税暂行条例》第十三条、《中华人民共和国消费税暂行条例实施细则》第十八条、第二十三条、第二十四条、《消费税若干具体问题的规定》第三条、第五条中的“主管税务机关”，指国家税务总局所属的县级以上国家税务局。

《中华人民共和国消费税暂行条例实施细则》第二十一条、第二十五条、《消费税若干具体问题的规定》第四条中“国家税务总局所属税务分局”，指省、自治区、直辖市国家税务局，也包括享有省级经济管理权限城市的国家税务局。

《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第五条、第六条中所称“国家税务总局所属征收机关”，指国家税务总局所属的县级以上国家税务局。

《中华人民共和国资源税暂行条例》第十二条中的“省、自治区、直辖市税务机关”，指省、自治区、直辖市地方税务局和享有省级经济管理权限城市的地方税务局。

《中华人民共和国资源税暂行条例》第十二、十三条以及《中华人民共和国资源税暂行条例实施细则》第五条、第八条、第九条、第十条所说的“主管税务机关”或“税务机关”，指县级以上的地方税务局。