我公司是一家从事货物运输的企业，运输发票由地税局代开，地税局在代开时已按运输费用金额代征企业所得税，但我公司企业所得税由国税局征管，两个局都征收企业所得税，会不会造成重复征税?

答：不会的。

《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》(国税函〔2006〕249号)规定，由国税局负责货物运输企业所得税征管，由地税局负责代开货物运输发票并统一代征税款的货物运输业代开票纳税人，地税局代开发票时代征的企业所得税超过年度汇算清缴应缴纳的企业所得税的，由国税局负责退回，但退回金额不超过纳税年度国税局对其已征的企业所得税税额;超出部分，由代开货物运输发票的地税局办理退税事项，不会造成双重征税问题。

纳税人的退税事项在每年汇算清缴时予以结算办理。