设立协议一般是不要式法律文件，作为当事人之间的合同，主要根据当事人的意思表示形成，其内容更多地体现了当事人的意志和要求，就设立协之而言，需要遵守合同法的一般规则;而公司章程则是要式法律文件，公司法对章程的内容有明确规定，公司章程必须按公司法的规定制定。

效力不同：

从效力的范围来看，由合同或协议的相对性决定，设立协议既由全体发起人订立，调整的是发起人之间的权利义务关系，因而只在发起人之间具有法律约束力;而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间等的法律关系，其中股东都受章程的约束。

效力的期间不同：

设立协议调整的是公司设立过程的法律关系，因而它的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着设立协议因履行终止;而公司章程的效力则及于公司成立后及其存续期间，直至公司完全终止。