公司使用员工车辆，有两种方式，一种是给职工发放车补，另一种是员工和公司签订租赁合同，公司租用员工车辆并支付租赁费用，两种方式对员工的税务影响不同。

公司与员工签订租赁合同的，支付给员工的租金等费用，员工向税务机关代开发票是按“财产租赁所得”计算缴纳个人所得税；没有签订租赁合同而支付给员工的所得，员工按“工资、薪金所得”计算缴纳个人所得税。

案例：甲乙都是某公司的员工，都将自家车交由公司使用，车辆租金每月均为3000元，乙与公司签订了租赁合同，而甲没有。

则所缴个人所得税就有差别。

根据个人所得税法实施条例第八条规定，工资、薪金所得，指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。

同时，《国家税务总局关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》（国税函〔2006〕245号）第一条规定，因公务用车制度改革而以现金、报销等形式向职工个人支付的收入，均应视为个人取得公务用车补贴收入，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。

若甲和乙扣除“三险一金”后的工资均是4500元，车辆租金均为3000元。

那么，甲按照工资、薪金所得缴纳个人所得税款为（4500＋3000－3500）×10%－105＝295（元）。

而乙由于签订了租赁合同，其取得的收入属于财产租赁所得，应按照财产租赁所得缴纳个人所得税，另外其财产租赁所得还要缴纳增值税、城建税和教育费附加。

则乙应缴纳各项税款为（4500－3500）×3%＋3000/（1+3%）×3.36%＋（3000－3000/（1+3%）×3.36%－800）×20%＝548.29（元），两种方式应缴个人所得税相差元253.29（548.29－295）。

因此，使用方式不同，个人税负就有差别。