代理记账公司是合法的。根据《中华人民共和国会计法》和《中华人民共和国注册会计师法》等法律法规，代理记账服务是一项合法的专业服务。只要代理记账公司取得了相应的执业资格证书，并且按照法律法规和规范要求开展业务，就是合法的。

此外，代理记账公司在做账过程中需要严格遵守税务和会计法规，确保账目准确无误，并及时申报纳税，避免发生不必要的税务纠纷和经济损失。代理记账公司还需要保护客户的隐私和商业机密，确保客户信息不会泄露。

在选择代理记账公司时，企业应该选择有良好信誉和专业能力的公司，要求公司提供合法的执业资格证书和相关证明文件，并与代理记账公司签订合同，明确双方权利和责任。只有选择合法的代理记账公司，企业才能获得有效的代理记账服务，并得到税务和会计方面的专业支持。