当企业收到自然人代开的发票时，是否需要代扣代缴税款，主要取决于发票的具体内容和相关税收法规。以下是对这一问题的详细分析：

一、代扣代缴税款的基本规定

根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关税收法规，支付所得的单位或个人为个人所得税的扣缴义务人，应当按照规定代扣代缴税款。因此，如果企业作为支付方，向自然人支付了需要缴纳个人所得税的所得，并收到了自然人代开的发票，那么企业就有义务代扣代缴相应的个人所得税。

二、具体情况分析

劳务报酬所得：

如果自然人代开的发票是针对劳务报酬所得，那么企业应当按照劳务报酬所得的税率（通常为20%至45%的超额累进税率）代扣代缴个人所得税。

需要注意的是，对于劳务报酬所得，企业还需要根据具体情况判断是否需要适用预扣预缴或年终汇算清缴的方式。

经营所得：

如果自然人代开的发票是针对经营所得，那么情况会相对复杂。一般来说，经营所得的个税由纳税人自行申报缴纳，但在某些特定情况下，如税务机关核定征收等，企业可能需要配合代扣代缴。

需要注意的是，经营所得与劳务报酬所得在税收处理上存在较大差异，企业应仔细核对发票内容及相关税收法规。

其他所得：

对于其他类型的所得（如财产转让所得、利息股息红利所得等），企业是否需要代扣代缴税款也需根据具体税收法规进行判断。

三、代扣代缴流程

如果企业需要代扣代缴税款，可以按照以下流程进行操作：

信息采集：在自然人电子税务局（扣缴端）中录入纳税人的基本信息，并在“任职受雇从业类型”栏选择“其他”。

收入及减除填写：在“综合所得申报”模块中，根据实际情况选择“劳务报酬（不适用累计预扣法）”或“劳务报酬（适用累计预扣法）”等选项，并录入相关信息。

税款计算与申报：进入“税款计算”模块核实税款信息，并在“申报表报送”模块中确认无误后提交申报。

税款缴纳：如有需要缴纳的税款，可在“税款缴纳”模块中进行缴税操作。

四、注意事项

准确判断所得性质：企业应仔细核对发票内容及相关合同、协议等文件，准确判断所得性质以确定是否需要代扣代缴税款。

遵守税收法规：企业应严格遵守税收法规和相关政策要求，确保代扣代缴工作的合规性。

及时沟通与协调：如遇到疑难问题或不确定情况，企业应及时与税务机关沟通协调以确保代扣代缴工作的顺利进行。

综上所述，企业收到自然人代开的发票是否需要代扣代缴税款取决于发票的具体内容和相关税收法规。对于劳务报酬所得等需要缴纳个人所得税的所得类型，企业应按照规定代扣代缴税款并遵守相关流程要求。