税务机关对个人独资企业个人所得税的征收方法有二种。一种是查账征收适用于会计核算比较齐全的，另一种是核定征收。

具体采用哪种征收方法由主管税务机关确定。 只要企业有利润，不论采用哪种征收方法，也不论企业利润是否分配，都需要缴纳个人所得税。

采用查账征收方法的，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额，然后根据个人所得税确定的税率表中对应的税率计算应纳税款。

采用核定征收方法的。依据国家税务总局关于印发《企业所得税核定征收办法》（试行）的通知》规定，采用按企业销售收入乘上应税所得率来计算应纳税所得额，然后，根据个人所得税确定的税率表中对应的税率计算应纳税款。