防护工程公司是指从事防雷、防震、防爆、防污染等工程设计、施工、检测、维护等业务的企业。防护工程公司的注册需要遵循国家有关法律法规和行业标准，具体的费用和流程如下：

首先，防护工程公司需要在当地工商行政管理部门进行企业名称预先核准，提交相关的申请材料，包括法人、股东证件、经营范围等。根据不同地区的规定，企业名称预先核准的费用可能有所差异，一般在100元左右。

其次，防护工程公司需要在当地税务部门进行税务登记，领取税务登记证和发票。税务登记的费用一般为50元左右，发票的费用根据发票种类和数量而定，一般在100元至500元之间。

再次，防护工程公司需要在当地质量技术监督部门进行组织机构代码证的申领，提交相关的申请材料，包括营业执照、税务登记证等。组织机构代码证的费用一般为50元左右。

最后，防护工程公司需要在当地人民银行或者其他金融机构开设基本存款账户，提交相关的申请材料，包括营业执照、税务登记证、组织机构代码证等。开户的费用一般为100元左右。