争议点：在地产项目土地增值税清算中，扣除项目成本分摊方式如何选择。

房地产公司主张：对土地成本和开发成本均采取“层高系数法”进行分摊，并提交了税务师事务所的鉴证报告，依据是《土地增值税清算管理规程》第二十一条。

税务机关主张：要以建筑面积确定土地增值税的分摊计算方法，依据是《土地增值税暂行条例实施细则》第九条。

双方各自依据的法规内容如下：

《土地增值税暂行条例实施细则》第九条纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。

《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）第二十一条审核扣除项目是否符合下列要求：

（五）纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。

正如案例分析所说，扣除项目的计算方式是否合理由税务机关审核认定，《土地增值税清算管理规程》第二十一条所提到的“合理的分配方式”是针对税务机关的审核要求，而不是纳税人用来确定分摊方式的依据。

而到底房地产企业该用什么分摊方式，按政策规定，可以按占地面积、建筑面积或税局确认的其他方式，到底什么情况下选哪种方式，目前在国家和广东省政策层面都没有标准答案，而这种多选题就会让纳税人很困惑。

广州市是有明确规定的，规定来源于目前还有效的穗地税函[2014]175号文：

同一个清算单位：按建筑面积分摊

不同清算单位：土地成本按各清算单位土地面积分摊；其他共同成本按各清算单位总可售建筑面积比例分摊，不能按可售面积就按土地面积分摊

土地、开发成本在分摊方法上的差异会对项目土地增值税税负产生较大影响，因此企业选择分摊方式时不可想当然，要关注地方税局是否有出台明确文件。

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