商标异议案件中的证据保全主要是通过司法机关对可能丢失、毁损或变质的证据进行保护，以确保其真实性和可信度。证据保全是维护公平正义、保障当事人合法权益的重要措施。

具体来说，商标异议案件中的证据保全应该按照以下步骤处理：

1. 提出证据保全申请：当事人应向有关司法机关（如法院）提出证据保全申请书，说明申请的证据是什么，以及证据可能丢失、毁损或变质的原因。

2. 司法机关受理：当申请符合法定条件时，有关司法机关应当及时予以受理，并决定是否予以保全。

3. 采取保全措施：如果认为证据确实需要保全的，有关司法机关将采取必要的措施，例如封存、扣押、查封等，以保护证据的完整性和真实性。

4. 通知当事人：司法机关应通知当事人据实提供保全对象、以及必要的配合，保证证据的保存和效力。

5. 保存证据：经过保全的证据，应送交有关附载清单的机关或有关部门妥善保存。证据保全期间应采取必要的措施确保证据不被破坏、丢失或损毁。

总之，在商标异议案件中，证据保全非常重要，对于当事人来说，及时提出证据保全申请，并配合司法机关采取必要的措施，确保证据的保存和效力，有助于维护自己的合法权益。